تا چند سال قبل از انقلاب اسلامی شجره‌نامه این امامزاده بخوبی روشن نبود ولی مردم سمنان صاحب این بقعه را امامزاده «آل‌کی» می‌نامیدند. علامه حائری درباره نسب این بزرگوار تحقیق نموده و نتیجه تحقیقات خود را با قصیده‌ای به عربی سروده و در لوحه‌ای ثبت نموده‌اند.
امامزاده علی ابن جعفر فرزند امام جعفر صادق و برادر بزرگوار امام موسی کاظم می‌باشد. این مزار به بقعه آلکا یا آل‌کى نیز معروف مى‌‌باشد. او در دوران طفولیت، پدرش را از دست داده و با برادر خود امام موسى کاظم(ع) همراه مىشده است. برخى عقیده دارند که وى در سال ۱۳۴ یا ۱۳۵ هجری قمری تولّد یافته و در سن ۸۵ سالگى و به سال ۲۲۰ هجری قمری مصادف با اوایل امامت امام هادى(ع) وفات یافته است.
مشخصات بنا
صنیع‌الدوله در مورد امامزاده علی ابن جعفر می‌نویسد: «امامزاده علی ابن جعفر باغچه باصفایی در جلو دارد و ایوان وسیعی، امامزاده مربع متساوی الاضلاع از هر طرف ۸ قدم و ارتفاع گنبد ۱۲ قدم و صندوق چوبی مشبک و سربازی در وسط و صورت قبری در وسط آن است.»
مساحت فعلی این مجموعه که در خیابان شهید رجایی سمنان واقع شده در حدود ۳۵۰۰ متر مربع می‌باشد. مساحت بقعه ۴۰ متر و مساحت کل ابنا ۵۵۰ متر مربع است. ساختمان این بقعه شامل گنبد، ایوان، حرم و دوسالن بزرگ در طرفین بقعه است که اخیراً نسبت به بازسازی و کاشی‌کاری گنبد تعمیرات مهتابی و راهروها اقدام شده است.
ایوان اصلی غربی که ۵/۹ متر ارتفاع دارد با کاشی زینت یافته و دهنه ایوان ۵/۵ متر است. قبر حضرت در سال‌های اخیر با مرمر بازسازی شده. ایوان شرقی که درب ورودی امامزاده در داخل آن قرار دارد ۵/۵ متر مربع می‌باشد دارای تزئینات کاشی کاری زیبایی می‌باشد که در سال ۱۳۳۰ هجری شمسی مرمت گردیده است. در قسمت جلو ایوان و پیش فضای آن یک مهتابی بزرگ به طول ۲۲ متر و عرض پانزده متر واقع گردیده که با دوازده پله به حیاط کوچک کنار بقعه راه پیدا می‌کند. صحن‌ها صفه، سالن، راهرو و مهتابی، محل دفن اموات بوده و به صورت گورستان عمومی درآمده است.
فضاى حرم به صورت مربّع شکل به ضلع ۵/۵ متر است که در وسط آن، قبر ساده گچى بدون نوشتهاى واقع است. تنها قسمت تزیینى حرم، کتیبه دور آن است که با کاشىهاى خشتى لاجوردى ساخته شده و بر روى آن، سوره جمعه به خط ثلث سفید درج گردیده است. در شرق و غرب حرم، ورودىها قرار دارند.
بر بالاى حرم، گنبد مخروطى بقعه بر روى چهار طاقنما و چهار فیل‌پوش قرار دارد که ارتفاع آن تا کف حرم، ۵/۱۳ متر است. محیط خارجى گنبد، ۵/۱۹ متر و داراى ساقهاى کوتاه با پوشش کاشی کارى فیروزهاى است.
بر در ضلع شمالى و جنوبى حرم، دو طاقچه عمیق وجود دارد که مدفن دو تن از شخصیّتهاى معروف سمنان به نام «آقا احمد نجفى» و «آقا محمّد حسین نجفى» است. آرامگاه حسین خان اعتضاد الملک پسر میرزا محمدخان سپهسالار و داماد ناصرالدین شاه قاجار و از حکمرانان جبار و معروف نیز در صحن این بقعه قرار دارد. در سالن دست راست حرم قبر بزرگ و گچی قرار دارد که مردم سمنان آن را متعلق به اباصلت شاگرد علی ابن جعفر می‌دانند.
این بنا به شماره ۲۳۳۹ و در تاریخ ۰۸/۰۳/۱۳۷۸ به ثبت آثار ملّی و تاریخی رسیده است.
